杨焕明院士一直从事基因组科学的研究，是人类基因定位与基因组科学研究的学科带头人，他及其团队(“华大基因”)所承担的人类基因组、水稻基因组以及家猪、家鸡、家蚕基因组，以及SARS冠状病毒的基因组研究及建立诊断方法等重大项目使我国的基因组研究得以跻身于世界前沿。在《自然》《科学》等国际顶尖刊物上发表相关论文100余篇，先后获得“2002年世界科学领袖”“2003年度中国科学院杰出成就科技奖”等十多项殊荣，在中国、亚洲乃至世界基因组学研究领域具有极高的影响力。